Pytanie:
Czy krzywa pandemiczna COVID-19 jest krzywą Gaussa?
Samos
2020-03-22 20:14:53 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Wszyscy dużo słyszeliśmy o „spłaszczaniu krzywej”.Zastanawiałem się, czy te krzywe - które wyglądają jak dzwonki - można zakwalifikować jako Gaussa, mimo że istnieje wymiar czasowy.

enter image description here

Cóż, wiesz, że rozkład Gaussa rozciąga się w nieskończoność w obu kierunkach.Czy to prawda w przypadku tej dystrybucji?
@user76284 Rozkłady Gaussa są ważnie używane jako modele dla wielu rzeczy, które nawet w zasadzie nie rozciągają się do nieskończoności (wyniki testów?).Przykład fizyki: prędkości są w rzeczywistości ograniczone przez ± c, ale rozkład prędkości Gaussa opisuje gazy w studni w temperaturze pokojowej.
Żadna z tych krzywych nie wygląda mi na gaussa, pomijając fakt, że nie użyłbyś tego terminu dla danych czasowych.Wydaje się również oczywiste, że taka grafika byłaby bardzo uproszczona do użytku przez szerokie grono odbiorców
Podejrzewam, że dobra odpowiedź na to pytanie powinna oprócz faktycznych liczb uwzględniać przynajmniej matematyczne modele epidemiologiczne.Zobacz https://en.wikipedia.org/wiki/Mathematical_modelling_of_infectious_disease, aby zapoznać się z niektórymi podejściami.Zobacz także https://en.wikipedia.org/wiki/Compartmental_models_in_epidemiology dla modeli przedziałowych wykorzystujących równania różniczkowe.
Te krzywe nie są „rozkładami” w znaczeniu zwykle rozumianym w prawdopodobieństwie i statystyce.Krzywa współczynnika przypadków w funkcji czasu, która wygląda jak Gaussa, z konieczności wykazywałaby * przyspieszenie * wzrostu w porównaniu z wykładniczym początkiem sugerowanym przez większość modeli transmisji.Można to łatwo sprawdzić, wykreślając * wiarygodne * dane w skali logarytmiczno-liniowej: krzywa wyglądałaby jak paraboliczna.Prawie * każdą * krzywą, która wznosi się, a potem opada, bez żadnej nagłej zmiany nachylenia, można przybliżyć parabolą, co sugeruje, że to pytanie może nie prowadzić do żadnych przydatnych wniosków ani procedur statystycznych.
Dwanaście odpowiedzi:
Alexis
2020-03-22 20:25:34 UTC
view on stackexchange narkive permalink

No.

Na przykład:

  • Nie w sensie rozkładu Gaussa prawdopodobieństwa : krzywa dzwonowa rozkładu normalnego (Gaussa) to histogram (mapa gęstości prawdopodobieństwa względem wartości pojedynczej zmiennej), ale zacytowane krzywe są (jak zauważyłeś) mapą wartości jednej zmiennej (nowe przypadki) względem drugiej zmiennej (czasu). (@Accumulation i @TobyBartels wskazują, że krzywe Gaussa są konstrukcjami matematycznymi, które mogą być niezwiązane z rozkładami prawdopodobieństwa; biorąc pod uwagę, że zadajesz to pytanie na temat statystyki SE, założyłem, że odniesienie się do rozkładu Gaussa było ważną częścią odpowiedzi na pytanie.)

  • Możliwe wartości w normalnej dystrybucji rozciągają się od $ - \ infty $ do $ \ infty $ , ale krzywa epidemii nie może mieć ujemnych wartości na osi y i przemieszczać się wystarczająco daleko w lewo lub w prawo na x , całkowicie skończą się przypadki, albo dlatego, że choroba nie istnieje, albo dlatego, że Homo sapiens nie istnieje.

  • Rozkłady normalne są ciągłe, ale krzywe epidemii zjawisk są w rzeczywistości dyskretne , a nie ciągłe: reprezentują nowe przypadki w każdej dyskretnej jednostce czasu. Chociaż możemy podzielić czas na mniejsze znaczące jednostki ( do pewnego stopnia), w końcu natrafiamy na fakt, że osoby z nowymi infekcjami są danymi zliczania (dyskretnymi).

  • Rozkłady normalne są symetryczne co do ich średniej, ale pomimo tego, że rysunek przekazuje użyteczną wiadomość dla zdrowia publicznego o potrzebie spłaszczenia krzywej, rzeczywiste krzywe epidemii są często pochylone w prawo i mają długie, cienkie ogony, jak pokazano poniżej.

Epidemic curve from the WHO Situation Report yellow fever in Angola, 15 September 2016: http://www.who.int/emergencies/yellow-fever/situation-reports/23-september-2016/en/

  • Normalne rozkłady są jednomodalne, ale rzeczywiste krzywe epidemii mogą mieć jeden lub więcej wypukłości (tj. mogą być multimodalne, mogą nawet, jak w odpowiedzi @SextusEmpiricus, być endemiczne , gdziewracają cyklicznie).

  • Na koniec, oto krzywa epidemii COVID-19 w Chinach, widać, że krzywa generalnie odbiega od krzywej Gaussa (oczywiście istnieją problemy z wiarygodnością danych, biorąc pod uwagę, że wiele przypadkównie liczone):

COVID-19 epidemic curve, China, December 31, 2019–February 25, 2020

Dziękuję Ci.Punkt 4 jest naprawdę dobry.Jest to proste przybliżenie wyjaśniające zjawisko, które nie oddaje prawdy (por. Krzywe bimodalne w kraju skandynawskim).
Ponadto dane zliczeniowe i skośna dystrybucja przypomniały mi o rozkładzie Poissona.
@Samos Poisson to interesująca odmiana twojego pierwotnego pytania!Jednak wszystkie moje uwagi nadal mają zastosowanie (chociaż druga wymaga poprawek, ponieważ Poissona ma inne założenia niż Gaussian, ale nadal są naruszane przez epidemie. :)
Zgadzam się z punktami 1 i 4, ale myślę, że 2 i 3 mija się z duchem pytania.Oczywiście żadne dane ze świata rzeczywistego nie będą * dokładnie * normalne, ale tylko * w przybliżeniu * normalne.Poza tym istnieją obcięte rozkłady normalne, a * wszystkie * dane są dyskretne, ponieważ zawsze mamy skończoną liczbę punktów próbkowania.
@gardenhead Re Point 3, dane ≠ rozkład parametryczny (taki jak normalny lub Poissona).Punkt 2 ma więcej warstw niuansów, w które nie chciałem się zagłębiać.Możesz dodać własną odpowiedź.:) Zakładam, że jesteś zadowolony z punktu 5, nawet jeśli punkty 2 i 3 to naprawdę małe gnidy do wybrania.:)
To wcale nie są dziwki, normalne rozkłady są używane przez cały czas dla danych dyskretnych (lub gdy granice nieskończoności ujemnej i dodatniej nie mają sensu), na przykład prawie wszystkie sondaże.Punkty 2 i 3 to po prostu niepoprawne argumenty.Podobnie rozkłady gamma są używane w procesach Poissona, jeśli są spełnione określone warunki.Prawidłowym sposobem mówienia o punktach 2 i 3 jest argumentowanie, że założenia wymagane do ciągłego przybliżania nie mają sensu.
@eps Myślę, że zakładasz, że odpowiadam na inne pytanie niż to, które zostało zadane.W swojej odpowiedzi nie pisałem o przybliżeniach ani testach * nigdzie *.
[Definicja] (https://en.wikipedia.org/wiki/Gaussian_function) podana przez wikipedię nie mówi nic o tym, że jest to gęstość prawdopodobieństwa.
Pierwszy punkt też jest nieważny.Przynajmniej dwa następne są poprawne technicznie w sensie pedantycznym (nawet jeśli mija się z celem, ponieważ krzywa może być w przybliżeniu Gaussa).Ale pierwszy punkt jest całkowicie błędny;krzywa Gaussa jest krzywą Gaussa niezależnie od tego, co reprezentuje.Te pierwsze trzy punkty odwracają uwagę od właściwych i istotnych ostatnich dwóch punktów.
@TobyBartels Czy poleciłbyś migrację pytania do MO.SE?
@TobyBartels Nawet bardziej wyraźnie wskazałem, że pierwsza kwestia dotyczy prawdopodobieństwa.Myślę, że jest to rozsądna uwaga na stronie internetowej ze statystykami.
Czy masz na myśli przepełnienie matematyki?To nie jest matematyka na poziomie badawczym, więc nie pasowałaby tam, ale dobrze by pasowała do matematyki.Nie wiem, jak szerokie powinno być CV;to pytanie zdecydowanie dotyczy statystyki w pewnym sensie, ale być może nie w odpowiednim sensie.
Doceniam twoje przeformułowanie # 1 i zgadzam się, że nie jest już niepoprawne.(To powiedziawszy, nadal uważam, że naprawdę ważne punkty to ostatnie dwa iw ten sposób zostają one pogrzebane za mniej ważnymi rzeczami).
Czy mógłbyś wyjaśnić znaczenie krzywej epidemii w ostatnim punkcie?To skumulowana fabuła, więc czy nie spodziewałbyś się, że odejdzie od chwilowego modelu gaussowskiego?
@EdwardBrey To naprawdę dobra uwaga.(Dodałem to później, chcąc szybko uchwycić krzywą epidemii C19, i było to zbyt szybkie i niechlujne. Chociaż one też nie wyglądają jak normalne CDF. :) Uderzę w ten dodatek i znajdę lepszyobraz do dodania później.Dziękuję i bądź zdrowy.
@EdwardBrey Zmodyfikowałem ostatni punkt z krzywą epidemii (zliczeniami), aby uwzględnić Twój komentarz.
Sextus Empiricus
2020-03-22 20:40:26 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Krzywe epidemiologiczne infekcji dróg oddechowych są krzywymi bardzo nieregularnymi. Zobacz na przykład wybuch epidemii SARS w latach 2002/2003

SARS https://www.who.int/csr/sars/epicurve/epiindex/en/index1.html

aw przypadku chorób endemicznych mogą mieć charakter sezonowy. Zobacz na przykład logo euromomo

seasonal flu and common cold

Oprócz spłaszczenia krzywej na ogół, która nie jest krzywą Gaussa, sytuacja będzie również bardziej zróżnicowana. Obraz, który krąży w Internecie, jest bardzo skrajnym przypadkiem, w którym krzywa wystaje znacznie powyżej progu i jest zmniejszana o połowę w wyniku pomiarów. Naszkicował idealną sytuację do argumentowania za drastycznymi środkami. Niekoniecznie musi tak być w przypadku COVID-19.

Bardziej złożone reprezentacje pokazują różne progi i mają bardziej subtelne różnice w krzywych. Jak tutaj

curves with thresholds

https://www.vaccinarsinpuglia.org/notizie/2017/10/al-via-la-sorveglianza-dellinfluenza-stagione-2017-18

* „** ** lato” * nie istnieje, więc nie ma na to szans.To szkoda dla wszystkich, ale posiadanie dwóch półkul na planecie jest prawdopodobnie lepsze na dłuższą metę.
Tim
2020-03-22 20:54:57 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Nie jestem epidemiologiem i to pytanie należy zadać epidemiologom.

Po pierwsze, rysowanie krzywych Gaussa jest proste, ponieważ nawet podstawowe oprogramowanie do rysowania ma je zaimplementowane (np. Microsoft Excel), więc kiedy ludzie muszą narysować „rozkład”, często rysują Gaussa. Liczby „spłaszcz krzywą” mają na celu ukazanie ogólnej idei zjawiska, a nie dokładnego rozkładu tego zjawiska i które mogło się wydarzyć (nikt nie wie z góry, ponieważ jest zbyt wiele niewiadomych i zbyt wiele ruchomych części). Nawet skale figur nie są realistyczne; niektórzy eksperci wskazują, że różnica może być znacznie większa niż na takich liczbach.

Jeśli chodzi o kształt epidemii Gaussa, o ile wiem, jest to znane jako prawo Farra. Najpierw liczba zarażonych osób rośnie, a następnie spada, więc jest to podobne do krzywej Gaussa, ale dalekie jest od dokładnego dopasowania. Możesz znaleźć dyskusję w tym wątku na Twitterze, która podaje jako przykład badania, w którym zastosowano prawo Farra do przewidywania przypadków HIV / AIDS w USA, jak widać z fabuły, nie ma to nic wspólnego z rzeczywistym wynikiem.

enter image description here

Niektóre, bardziej poważne dane liczbowe można znaleźć w szeroko cytowanym ostatnio artykule Ferguson i in. (2020). Jak widać, „rosną i opadają, ale daleko od Gaussa, w niektórych symulacjach są nawet multimodalne lub skośne. Oczywiście jest to nadal symulacja, a więc o wiele bardziej uproszczona dystrybucja niż to, czego moglibyśmy oczekiwać na podstawie rzeczywistych danych.

enter image description here

enter image description here

Jak łatwo wykreślić krzywą dzwonkową w programie Excel?Albo program do rysowania, taki jak Inksape?
@d-b Google dla ["excel normal distribution"] (https://www.google.com/search?q=excel+normal+distribution), a przykłady łatwo znajdziesz.
Twój link Farr mówi: „Jednak odchylenie standardowe powinno pozostać jak najbliższe 1 - jest to cecha definiująca krzywą Bella”.co jest po prostu dziwne.Nie ma nic "definiującego" w sd = 1 (i jeśli nie mamy do czynienia z wielkością bezwymiarową, to nawet nie ma sensu).
* Standardowy * rozkład normalny ma zerową średnią i odchylenie standardowe 1. Zastanawiam się, czy cytat Farra używa terminologii w podobnie specjalistyczny sposób.
Czarna krzywa (całkowita epidemia) jest bardzo symetryczna i można ją łatwo pomylić z krzywą Gaussa.Ponieważ liczba infekcji ma element losowy, a prawdopodobieństwo jest niskie, ale nie zerowe na obu końcach (wirus mógł pozostawać niewykryty dłużej niż sądzono), kształt nie jest zaskakujący.Dobrze byłoby przeanalizować konkretne różnice.
Pere
2020-03-23 18:25:06 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Nie, ale (przy właściwych założeniach, które w praktyce raczej się nie sprawdzą) w pewnym sensie.

Michael Reid wskazuje, że liczba osób zarażonych epidemią w uproszczonych stałych warunkach (stała R0) jest regulowana przez równanie logistyczne, które prowadzi do esicy, funkcji logistycznej. Pochodną funkcji logistycznej jest krzywa gęstości w kształcie dzwonu rozkładu logistycznego, co nie jest normalne, mimo że na pierwszy rzut oka wygląda normalnie. Ponieważ pochodna reprezentowałaby liczbę nowych zakażonych osób w jednostce czasu, a wspólne wskaźniki, takie jak liczba zgonów dziennie lub liczba nowo zgłaszanych przypadków dziennie, są mniej więcej proporcjonalne do opóźnionej i nieokreślonej wersji liczby nowych zakażonych osób, również podążają za krzywą podobną do funkcji gęstości dystrybucji logistycznej.

Jednak niektóre założenia równania logistycznego mogą nie mieć zastosowania w przypadku wybuchu koronawirusa - w rzeczywistości mogą nie mieć zastosowania dla żadnej realnej populacji, chociaż równanie logistyczne jest powszechnym i użytecznym modelem dynamiki populacji:

  • W dynamicznym równaniu zakłada się, że cała populacja rozmnaża się, to znaczy wszyscy zarażeni ludzie zarażają więcej ludzi. W rzeczywistości w pewnym momencie zainfekowani ludzie przestają rozprzestrzeniać infekcję.
  • Warunki (R0) są przyjmowane jako stałe. W prawdziwym świecie wprowadzane są środki rywalizacji i dlatego zmienia się R0.
„Stała R0” to trochę pomyłka: R0 odnosi się do * przypadku indeksowego * w sytuacji, gdy * każda * napotkana osoba może zostać zarażona.Kiedy już dostaniesz pierwszą ludzką transmisję, to już nie jest sytuacja, ponieważ druga osoba nie ma prawdopodobieństwa zarażenia pierwszej.
W modelu logistycznym liczba osób, które zostały zarażone przez jedną osobę, to R0 pomnożone przez odsetek osób, które nie zostały zakażone.Dlatego też, gdy pojawi się pierwsza transmisja u ludzi, prawdopodobieństwo nowej infekcji spada, nawet jeśli R0 utrzymuje się na stałym poziomie.Dlatego krzywa infekcji jest sigmoidalna, a nie wykładnicza.W rzeczywistości jest bliski wykładniczy, podczas gdy zarażeni ludzie stanowią bardzo małą część populacji.
„środki rywalizacji są wprowadzane, a zatem zmiany R0” nie powinny oznaczać „dlatego zmiany R”
R0 zmienia się wraz ze środkami walki, ponieważ każda zarażona osoba zarażałaby średnio mniej ludzi, zakładając, że każdy może być zarażony.https://en.wikipedia.org/wiki/Basic_reproduction_number Jeśli rozumiemy R (nie R0) jako rzeczywistą liczbę osób zarażonych przez osobę zakażoną, R zmienia się, gdy część populacji nie może być już zarażona, jak wskazała Alexis,i dlatego R naturalnie spada z R0 do 0 - gdy wszyscy są zarażeni.Proszę zauważyć, że równanie logistyczne nie bierze pod uwagę, że ludzie w pewnym momencie przestają być zakaźni, więc zapomina się o odporności stada.
To powinna być akceptowana odpowiedź.Dzięki za informację.
Acccumulation
2020-03-25 08:14:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Wygląda na to, że są tu trzy pytania:

  1. Czy rzeczywisty rozkład przypadków jest Gaussowski? Nie.

  2. Czy krzywe podane w grafice Gaussa? Niezupełnie.Myślę, że czerwona jest trochę przekrzywiona, a niebieska zdecydowanie przekrzywiona.

  3. C Czy wykresy wartości w funkcji czasu można uznać za Gaussa? Tak.

W matematyce funkcja Gaussa, często nazywana po prostu funkcją Gaussa, jest funkcją postaci $$ f (x) = ae ^ {- {\ frac {(xb) ^ {2}} {2c ^ {2}}}} $$ dla dowolnych stałych rzeczywistych a, b i niezerowych c.

https://en.wikipedia.org/wiki/Gaussian_function

Nie jest wymagane, aby był to rozkład prawdopodobieństwa.

user953847-abecode
2020-03-23 10:21:01 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Krótka odpowiedź, nie.Zastanawiałem się nad tym samym i znalazłem sposób na wykreślenie populacji podatnych, zakażonych i wyzdrowiałych ludzi.Jest to model zwany przedziałowym modelem epidemiologii, a określony algorytm nosi nazwę algorytm Gillespiego.W drugim linku jest kod Pythona, ale wypróbowałem go w R i wygląda to tak susceptible, green; infected, red; recovered, blue i tutaj jest notatnik, jeśli jesteś zainteresowany.

Wygląda na to, że coś w rodzaju rozkładu Poissona byłoby bliższe, ale w odpowiednich warunkach moglibyśmy przybliżyć rozkład Poissona za pomocą rozkładu normalnego / Gaussa.Taka jest hojna interpretacja.Inne interpretacje to: 1, CDC w rzeczywistości nie zna właściwego kształtu, lub 2, CDC chce go ogłupiać do publicznego spożycia.

Zobacz także https://www.youtube.com/watch?v=k6nLfCbAzgo
Jeśli rozumiem, sugerujesz, że możliwe byłoby dopasowanie czerwonej krzywej jako Poissona?(Jeśli nie - poniższe informacje są prawdopodobnie nieistotne, przepraszamy)!Krzywa może pasować do * kształtu * krzywej Poissona, ale to nie pasuje do rozkładu Poissona.* Rozkład * jest dyskretny i nie zawiera elementu czasowego.Można dopasować liczbę zgonów / przypadków na dzień do rozkładu Poissona (ze zmianą tempa), chociaż nawet wtedy przypuszczam, że bardziej odpowiednim punktem wyjścia będzie model nadmiernie rozproszony, taki jak ujemny dwumianowy.
Tak, dziękuję za zwrócenie uwagi!W pewnym sensie wpadłem w tę samą pułapkę / nieporozumienie związane z tematem, który zaciekawił mnie w pierwszej kolejności, tj. Użycie kształtu Gaussa / Normalnego dla zjawiska temporalnego.
Michael Reid
2020-03-23 18:10:34 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Najprostsza analiza epidemii prowadzi do modelu krzywej logistyki.Odsetek nowych infekcji będzie pochodną wszystkich przypadków, które w tym modelu dawałyby krzywą w kształcie dzwonu (normalny pośrodku, ale z dużo grubszymi ogonami - patrz komentarz Dirka poniżej).

Założenia modelu to stałe tempo transmisji, dokładnie tak, jak miałoby to miejsce w przypadku wzrostu wykładniczego, ale w przeciwieństwie do wzrostu wykładniczego istnieje granica nasycenia.W wielu epidemiach granicą nasycenia byłaby cała populacja (tj. Ostatecznie każdy zostałby narażony i nabył odporność).Miejmy nadzieję, że w przypadku COVID-19 tak się nie stanie, więc potrzebne będą pewne zmiany, które pozwolą ograniczyć rozprzestrzenianie się w pewnym podzbiorze całej populacji.

Moim źródłem tego był doskonały film z YouTube 1.(Może jest jakieś lepsze źródło niż youtube?)

Pochodna krzywej logistycznej rozpada się jak exp (-x), a gaussa jest szybsza (jak exp (-x²)).
Tak, istnieją dwa powiązania „logistyczne kontra gaussowskie”: ** 1. ** jak powiedział Dirk i [pokaż tutaj] (https://stats.stackexchange.com/a/146874/251427), są dobre dopasowania;** 2. ** kumulatywne dystrybucje obu są [prawie takie same] (http://visionlab.harvard.edu/Members/Anne/Math/Logistic_vs_Gaussian.html).
Itamar Mushkin
2020-03-24 17:31:19 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Sam nie jestem epidemiologiem, ale inną kluczową różnicą między tą krzywą a krzywą Gaussa jest to, że Gaussian rozpada się do zera stosunkowo szybko (jako $ e ^ {- t ^ 2} $ po pewnym czasie $ t $ ), podczas gdy można się spodziewać, że rzeczywista epidemia będzie zmniejszać się w znacznie wolniejszym tempie pod koniec lub nawetnie rozpadać się do 0 $ , ale do jakiejś innej (miejmy nadzieję niskiej) stałej - tj. wirus może nie wymrzeć całkowicie tak, jak sugeruje krzywa Gaussa.

LeBorgne
2020-04-23 17:48:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Nie.Jak do tej pory wykazano tutaj w różnych krajach, rozsądnym sposobem modelowania krzywych daily new potwierdzonych przypadków i zgonów dla Covid-19 jest użycie:

  • rosnący wykładniczy na samym początku
  • krzywa logistyczna, gdy krzywa zaczyna się spłaszczać (zobacz film wideo 3Blue1Brown)
  • malejący wykładniczy tuż po pierwszym piku
  • później może nam brakować danych do przekazania.

Zobacz na przykład Włochy od 22 kwietnia 2020 r. (z logistyką przed szczytem, wykładniczo po):

enter image description here

Jeśli chodzi o USA, model logistyki jest na razie wystarczający:

enter image description here

Wreszcie w przypadku Chin trudniej jest powiedzieć:

enter image description here

dodaj pełne odniesienia do swoich linków na wypadek, gdyby umarły w przyszłości, dzięki!
Rozkład logistyczny w rzeczywistości bardzo przypomina rozkład normalny.Można to przybliżyć (patrz przybliżenie Taylora [tej krzywej] (https://www.wolframalpha.com/input/?i=Log%28e%5E-x%2F%281%2Be%5E-x%29% 5E2% 29)) i różni się głównie tylko ogonami (które nie są tutaj zbyt istotne).Podsumowując: dzięki tym krzywym, które przypominają kształty sigmoidalne, będzie można znaleźć wiele dopasowań (chociaż, jak pokazuje przypadek chiński, te krzywe o kształcie sigmoidalnym są silnymi uproszczeniami).
chrishmorris
2020-03-25 20:55:29 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Na wczesnych etapach epidemii wzrost jest wykładniczy.Dwa kluczowe parametry to R0 (średnia liczba osób zarażonych przez każdą złapaną osobę) i czas inkubacji.Celem jest zmniejszenie R0 - gdy spadnie poniżej 1,0, epidemia się kończy.Większość hrabstw nadal znajduje się na tym etapie pod względem COVID-19.

Gdy znaczna część populacji staje się odporna, model wykładniczy nie jest już odpowiedni.Zobacz świetną odpowiedź użytkownika953847 powyżej.

Sextus Empiricus zwraca uwagę, że rzeczywiste dane są nieprawidłowe.Dotyczy to wszystkich prawdziwych danych.Niemniej jednak idealne modele mogą być przydatne jako sposób na znalezienie i zakomunikowanie trendów leżących u podstaw nieprawidłowości.

Co to jest R0?Jak to się ma do pytania?Czy istnieje formuła wykorzystująca R0?Jaka jest formuła?
W podanym przeze mnie przykładzie (krzywa dla SARS) widać, że dane są nie tylko zaszumione, dla których idealny model może zapewnić dopasowanie.Dane są bardzo nieregularne, lepiej można by je opisać jako grudkowate zamiast ziarniste.Ma wiele elementów, na przykład bardzo wysoki i cienki szczyt pośrodku to wybuch epidemii w ogrodach Amoy.To samo odnosi się do śmiertelności (krzywa EuroMomo), wykazują one mniej lub bardziej sinusoidalną falę, ale każdego roku z bardzo różnymi szczytami i dolinami, a także czasami występuje w zimie niewielki wysoki szczyt, który odnosi się do epidemii spalin..
Mike D.
2020-04-14 06:14:24 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Biologiczny wzrost (skumulowany) epidemii wirusów, drzew, ludzi lub innych zjawisk biologicznych na ogół podlega funkcji logistycznej: 1 / (1 + e ^ -1). Krzywa logistyczna ma kształt esicy lub litery S. Nie „spłaszcza się”, ale ma punkt przegięcia.

Pierwsza pochodna to stopa wzrostu. Ta krzywa jest zgodna z rozkładem logistycznym. Ma kształt dzwonu jak krzywa Gaussa, chociaż jest inny. F (x) = e ^ -x / (1 + e ^ -x) ^ 2. Szczyt krzywej tempa wzrostu występuje w tym samym czasie (ponieważ oś x to czas) z punktem przegięcia skumulowanej krzywej wzrostu.

Drugą pochodną jest przyspieszenie. Ma z boku kształt litery S, jak fala sinusoidalna przekrzywiona w prawo. Przyspieszenie przechodzi przez oś x (równą zeru), gdy tempo osiąga szczyt i zmienia się skumulowany wzrost. Następnie przyspieszenie jest ujemne (zwalnianie) i po zanurzeniu się w terytorium ujemne asymptotycznie zbliża się do osi X od dołu.

Funkcja Gompertza jest wyspecjalizowanym przypadkiem ogólnej funkcji logistycznej i jest czasami używana do badań wzrostu, ponieważ ma parametry, które można obliczyć za pomocą regresji liniowej. Jednym z parametrów jest górna asymptota skumulowanej krzywej wzrostu. Ten parametr odpowiadałby całkowitej liczbie zgonów lub całkowitej liczbie przypadków, gdyby to było to, co szacujesz.

Czasami używany jest również rozkład Weibulla, inny specjalistyczny przypadek z parametrami. Użyliśmy Weibulla do opracowania tak zwanych modeli wzrostu pojedynczego drzewostanu, kiedy byłem studentem.

To jest matematyka wzrostu. Nie jest „wykładniczy” ani „logarytmiczny”. To jest logistyczne.

Sigmoidalne krzywe logistyczne spłaszczają się, ale nie odwracają kierunku i nie zawracają w dół, jak to ma miejsce w przypadku krzywych epidemii.Chcesz się tym zająć?
Krzywa esicy to ułamek populacji, który został narażony;nowy wskaźnik infekcji (lub całkowita liczba zakażonych lub łóżek szpitalnych) to nachylenie tej esicy (która osiąga szczyt, a następnie zanika).Ten model zakłada, że rozprzestrzenianie się nasyca (a nie jest tłumione i ograniczone).
meduz
2020-03-27 14:27:53 UTC
view on stackexchange narkive permalink

W rzeczywistości ta krzywa wydaje się dobrze pasować do odwrotnego rozkładu Gausssowskiego.Ten rozkład jest szeroko stosowany w psychologii lub ekonomii do opisu rozkładu opóźnień czasowych.IANAE (Nie jestem epidemiologiem ©), ale istnieją podobieństwa tych procesów z pandemią (gdzie to, co jest oznaczone na wykresie zmienną $ x $ będzieczas od początku pandemii):

typical IG distributions

Zauważ, że dla niektórych wartości wygląda to podobnie do rozkładu Gaussa w kształcie dzwonu.Średnia i odchylenie standardowe kontrolują czas wystąpienia piku i „rozłożenie” krzywej.

Czy mógłbyś wyjaśnić, dlaczego krzywa może być dobrym modelem, poza wizualnym podobieństwem?
mam nadzieję, że moje zmiany pomogą. zapytaj, czy potrzebujesz więcej informacji.
Jeśli rozumiem, sugerujesz, że możesz dopasować krzywą do odwrotnej krzywej Gaussa?Chociaż krzywe mogą pasować, to nie to samo, co dopasowanie do rozkładu.Krzywa, którą opisujesz, jest definiowana w czasie, natomiast krzywa rozkładu określa prawdopodobieństwo (gęstość) pojedynczej próbki przyjmującej tę wartość - nie ma elementu czasowego.
dzięki @owen88 za komentarz - w mojej odpowiedzi było wiele ukrytych założeń.Dokonałem pewnych zmian, aby rozwiązać te problemy - mam nadzieję, że to wyjaśni to.
Twierdzisz, że każdy osobnik ma jakąś prędkość, aby zdobyć wirusa, że ma on normalną dystrybucję, aw konsekwencji krzywa epidemiologiczna liczby infekcji jest odwrotną krzywą Gaussa.Ale zdarzenia infekcji nie są * niezależne *.Powinien istnieć pewien składnik wzrostu, w którym tempo infekcji zależy od aktualnej liczby infekcji.--------- Użycie tych odwrotnych rozkładów Gaussa może być bardziej odpowiednie jako mała część jakiegoś złożonego modelu mechanistycznego.Na przykład moglibyśmy modelować „czas inkubacji” jako odwrotność Gaussa.
Cześć @meduz - nadal nie jestem pewien, czy śledzę.Być może najprostszy sposób wyjaśnienia: jaka jest oś X i Y na Twoim wykresie?Oryginalne pytanie miało wykresy z osią x = czas, y = nie.przypadkach.Jeśli używasz tej samej osi, możesz tylko powiedzieć, że kształt może wyglądać odwrotnie Gaussa - ale to nie to samo, co dane po odwrotnym rozkładzie gaussowskim.
oś po prostu jest zgodna ze zwykłymi konwencjami, które są używane w literaturze w ogóle, a w Wikipedii (I wikipedia) w szczególności.więc tak.x = czas, if (x) liczba przypadków.masz całkowitą rację.
IANAE = Nie jestem epidemiologiem.skomentować komentarz @SextusEmpiricus - całkowicie słuszne jest założenie, że nie są oni niezależni i że można stworzyć bardziej wykształcony model.przynajmniej odwrotność Gaussa jest * mniej błędna * niż Gaussa, patrz oryginalne pytanie, które brzmi: „Czy krzywa pandemiczna COVID-19 jest krzywą Gaussa?”i cel udzielenia takiej odpowiedzi.
* „W rzeczywistości krzywa ta jest również dobrze opisana przez odwrotny rozkład Gausssowskiego. Ten rozkład jest szeroko stosowany w psychologii lub ekonomii i jego użycie jest uzasadnione procesami leżącymi u podstaw takiej krzywej”. * Nie jest dobrze opisany przezodwrotny rozkład Gaussa i jego użycie nie jest uzasadnione przez podstawowy proces, który generuje takie krzywe.Różnice w „szybkości zachorowania” stanowią tylko niewielką część całego procesu i mają tylko niewielki wpływ na ogólny kształt krzywej.Nie należy oczekiwać, że jakiekolwiek podobieństwo będzie oparte na zasadzie mechanistycznej.
dzięki @SextusEmpiricus za ten dodatkowy komentarz.ale rozwija się to znacznie bardziej niż pytanie, które zostało zadane, i bardziej w kierunku modelowania złożonych epidemii, dla których istnieje obszerna literatura.Ponownie zredagowałem, żeby nie myśleć, że istnieje coś takiego jak „szybkość zachorowania”.
@meduz - Twoja kombinacja definicji osi x i osi y nie jest zgodna z ideą wykreślania odwrotnego gaussa;w szczególności oś Y musiałaby być gęstością prawdopodobieństwa, a nie liczbą.
drogi @owen88, ten wykres pochodzi z wikipedii i aby uzyskać wynik, należy rozważyć pomnożenie rozkładu przez liczbę ludności.
Jeśli skalujesz według populacji, zakładasz niejawnie, że cała populacja otrzyma CV-19.Wygląda na to, że model, który proponujesz, polega w rzeczywistości na modelowaniu przestrzeni hiperparametrów dla Odwrotnej Gamma.Ale to bardzo różni się od stwierdzenia, że jest zgodny z odwrotnym rozkładem Gaussa (co sugeruje próbkowanie z tego rozkładu - którym nie jest, jeśli sugerujesz, że możemy przeskalować oś y przez populację).Jest to również sprzeczne z twoim porównaniem z użyciem odwrotnej gammy do pomiaru odstępów czasu.Jeśli się nie zgadzasz, może mógłbyś rzucić światło na analogię do przedziałów czasowych?
tak, cała populacja może zarazić się COVID-19.To nie jest model epidemiologiczny, ale opis dynamiki, jaką można zaobserwować w populacji.Moim zdaniem w SE ważne jest, aby skupić się na odpowiedzi na pierwotne pytanie, jeśli chcesz zadać pytanie o analogię do przedziałów czasowych, chętnie odpowiem na Twoje pytanie.


To pytanie i odpowiedź zostało automatycznie przetłumaczone z języka angielskiego.Oryginalna treść jest dostępna na stackexchange, za co dziękujemy za licencję cc by-sa 4.0, w ramach której jest rozpowszechniana.
Loading...